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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。

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基于已知或假定的反离子信息，有针对性选择数据进行质谱信号采集，对符合规划的离子进行信号记录，去除不符合规划离子信号的干扰

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质谱分析是一种测量离子荷质比（电荷-质量比）的分析方法。第一台质谱仪是英国科学家弗朗西斯·阿斯顿于1919年制成的。阿斯顿用这台装置发现了多种元素同位素

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3000Da以下极性、弱极性化合物的分子量测定和分子式推断，完整蛋白质大分子的分子量测定。

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